A linha Europa e Relações Transatlânticas está estruturada em torno de quatro grandes temas, integrando a experiência prévia e projetando os interesses futuros de um grupo de jovens investigadores. Os quatro temas são transversais aos três grupos de investigação do CEI-Iscte.
O primeiro tema aborda o papel da União Europeia como Ator Global. Neste tópico, os investigadores do CEI-Iscte analisam o história da União Europeia e refletem sobre o papel político, social e económico da UE no século XXI:
O segundo tema centra-se nas Relações Transatlânticas no Mundo Globalizado. Os investigadores abordam a relação transatlântica entre os Estados Unidos e a União Europeia (com destaque para a vertente histórica no período da Guerra Fria), bem como a parceria estratégica entre a UE e a América Latina e Caraíbas (ALC).
O terceiro tema refere-se à Política Externa Norte-Americana e às relações internacionais dos Estados Unidos desde 1945, abrangendo a Guerra Fria e a década de 90, assim como a política externa americana do pós 11 de setembro, em estreita relação com os três grupos de investigação.
Finalmente, o quarto tema aborda as questões da Guerra, Paz e Desafios à Segurança Internacional, com uma abordagem multidisciplinar às dimensões relevantes dos conflitos militares contemporâneos que afetam a Europa e o mundo transatlântico.