O CEI-Iscte está envolvido ativamente no ensino pós-graduado, em Portugal e internacionalmente, fazendo a gestão dos seguintes programas doutorais:

Estudos Africanos
Estudos Internacionais
História, Estudos de Segurança e Defesa
  • Ciência Política * (programa gerido pelo CIES-Iscte, em colaboração com o CEI-Iscte)

Os investigadores integrados do CEI-Iscte colaboram também nos programas de Mestrado em:


Em paralelo, os membros do CEI-Iscte cooperam no programa de 
Mestrado em História de África no Departamento de História da Universidade de Lisboa e no Mestrado em Estudos Chineses da Universidade de Aveiro.

O CEI-Iscte promove também a integração de estudantes pós-graduados e jovens doutorados nos seus projectos de investigação.

O CEI-Iscte oferece um conjunto de cursos de Verão que versam sobre as diversas regiões do mundo e sobre os mais importantes desenvolvimentos internacionais. Todos os cursos estão creditados pelos órgãos científicos dos Iscte, conferindo, por conseguinte, 6 créditos ECTS a quem os frequenta. Atualmente os cursos disponíveis são o Global Challenges e América Latina Hoje.