O CEI-Iscte está envolvido ativamente no ensino pós-graduado, em Portugal e internacionalmente, fazendo a gestão dos seguintes programas doutorais:
- Estudos Africanos
- Estudos Internacionais
- História, Estudos de Segurança e Defesa
- Ciência Política * (programa gerido pelo CIES-Iscte, em colaboração com o CEI-Iscte)
Os investigadores integrados do CEI-Iscte colaboram também nos programas de Mestrado em:
- Estudos Africanos
- Estudos de Desenvolvimento
- Economia Social e Solidária
- Estudos Internacionais (Núcleo de Estudos Internacionais)
- Governação e Sustentabilidade do Mar
Em paralelo, os membros do CEI-Iscte cooperam no programa de Mestrado em História de África no Departamento de História da Universidade de Lisboa e no Mestrado em Estudos Chineses da Universidade de Aveiro.
O CEI-Iscte promove também a integração de estudantes pós-graduados e jovens doutorados nos seus projectos de investigação.
O CEI-Iscte oferece um conjunto de cursos de Verão que versam sobre as diversas regiões do mundo e sobre os mais importantes desenvolvimentos internacionais. Todos os cursos estão creditados pelos órgãos científicos dos Iscte, conferindo, por conseguinte, 6 créditos ECTS a quem os frequenta. Atualmente os cursos disponíveis são o Global Challenges e América Latina Hoje.